Durante los siglos posteriores al imperio de Roma, la migración germana llegó a la diócesis de Bamberg, la cual estaba habitada por eslavos. El asentamiento fue mencionado por primera vez en el año 902, debido a la construcción del castillo de Babenberg, en honor a la familia que lo construyó. La región fue evangelizada por los monjes de la Orden benedictina y adscrita a la diócesis de Wurzburgo.
En 1007, el emperador Enrique II del Sacro Imperio Romano Germánico opta por separar Bamberg de la diócesis de Wurzburgo debido a que buscaba reducir de tamaño esa diócesis. En 1008 se logró mediante el consenso entre los obispos de Wurzburgo y Eichstätt, junto con la aprobación del Papa Juan XVIII, la definición de unos nuevos límites de la diócesis. La nueva catedral fue terminada en 1012, lo cual marcó el inicio de la nueva extensión diocesana. Cinco años más tarde se fundó un monasterio para el culto y la formación de los clérigos.
Alrededor del siglo XIII, los obispos forzaron al Imperio, permitiendo así construir grandes edificaciones en Bamberg. Siendo así el poder, que se habían obtenido vastos territorios, siendo todos perdidos por la Reforma, los cuales redujeron la extensión a la mitad.
En 1647, se funda la universidad de Bamberg, en un principio con el nombre de Academia Bambergensis.
En 1759, las posesiones y jurisdicciones de la diócesis fueron entregadas y vendidas a Austria. Cuando se produjo la secularización de la tierra, por parte de la iglesia, se llevó a efecto (1802), la extensión de tierra era de 3.305 km² y su población cercana a los 220 000 habitantes. En 1802 se independiza y en 1803 se une a Baviera.
En 1976, la Unión Astronómica Internacional aprobó poner el nombre de la ciudad a un cráter del planeta Marte, conocido como Bamberg.1
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